Начиная с 2005 г., институт имеет систему менеджмента качества, сертифицированную по российскому стандарту ИСО 9001-2000. 26.10.2005 г. ОАО ТПИ «Омскгражданпроект» получил сертификат соответствия системы качества требованиям стандарта ИСО 9001-2000. Подготовка процесса сертификации в ОАО ТПИ «Омскгражданпроект» и сертификация проведена российской компанией АНО «Новосибсертификация» С целью подтверждения действия сертификата, регулярно проводятся наблюдательные и сертификационные аудиты.

В 2005 году проведена сертификация специализированной организацией «Новосибсертификация» Госстандарта России системы менеджмента качества, в результате чего получен сертификат соответствия требованиям ГОСТ Р ИСО 9001-2001.

В настоящее время ведется работа по углублению внедрения системы менеджмента качества в институте. Проведено обучение внутренних аудиторов системы менеджмента качества в количестве 5 человек с получением сертификата повышения квалификации. Для доведения до подразделений и персонала целей и основных задач в области качества в институте принята организационно-структурная система управления качеством. Ежегодно разрабатываются программы повышения профессиональной квалификации работников института, учитывая необходимость обучения с последующей аттестацией, каждые пять лет.

В системе менеджмента качества предусмотрена процедура корректирующего действия, основанная на анализе текущих замечаний органов надзора и экспертизы. В рамках процедуры предупреждающего действия, ведётся обобщение замечаний, решения по которым доводятся до руководителей всех уровней и исполнителей на оперативных совещаниях, на технических советах и технических учёбах.

Для повышения качества разрабатываемых проектов в институте действует отлаженная система как внутренней экспертизы, где экспертами выступают главные специалисты технического отдела, так и взаимодействия с внешними органами экспертизы всех уровней.

В период организационно-технической подготовки к проектированию совместно с заказчиком разрабатывается техническое задание на проектирование, в рамках процессного подхода, регламентированного системой менеджмента качества. Разработанное техническое задание устанавливает основные требования заказчика с учётом действующих нормативных документов, а также соответствующие оценочные критерии приёмки результатов проектирования.

В рамках мониторинга функционирования системы менеджмента качества, проводятся (в соответствии с утвержденным Генеральным директором планом) внутренние аудиты в структурных подразделениях института.

В настоящее время разрабатывается внутренний сайт системы менеджмента качества, содержащий в себе все действующие документы системы, и обеспечивающий автоматизированный доступ работников института к шаблонам документов внутреннего применения. Это способствует упорядочению внутреннего документооборота.